基因学苑云服务器

计算，网络，存储一直是生物信息分析基础架构中最重要的三大件。2025年，我们花费巨资，采购了一条跨境网络专线，可以直接连接全球网络，无论是下载生物软件，还是下载生物数据都超级快。
我们的云平台从2015年开始运营，目前已经是第10个年头，已累积投入超过600余万元。目前拥有四个完整机柜，目前我们已有5480线程 CPU，45T内存，2PB磁盘空间。已有超过5000位用户使用过我们的云计算服务。

为什么选择我们的生物云计算平台？

在原有台服务器基础之上，最近我们又采购了三台设备。根据计算需求不同，我们提供11种配置可供选择，不同配置在CPU，内存和默认存储方面有所差别。

国际专线网络，可以直接访问全球网络，下载生物数据更快更稳；
数据中心四台机柜，超30台Dell全新机器，算力充足；
全新Dell EMC服务器专业存储，多种方案保障数据安全；
开箱即用，无需等待采购时间，配置上架时间，以及部署软件时间；
超低价格，同等配置价格仅为公有云价格1/5到1/10；
全新超融合架构，具有高可用性，稳定且安全；
行业内第一个生物云平台，从2015到现在十年行业经验，更懂用户；
已配置大量常用生物软件和数据库，省去自己安装软件大量时间；
无需运维，将更多时间精力用于科研；
最新R运行环境。
专属答疑群，无需提交工单，群内及时响应需求；
提供GPU计算可供选择；

共享云服务器

在2015年全球最早推出共享生物云计算，截止到目前，我们的云平台已经平稳运营超过十年。服务超过5000多位用户。在原有服务器基础之上，最近我们又采购了大量计算设备。根据计算需求不同，目前我们可提供14种配置可供选择，不同配置在CPU，内存和默认存储方面有所差别。

A类型：少量样品RNAseq，16S，WGCNA，GEO表达分析，肿瘤panel等；

B类型：该配置是通用型配置，可以满足绝大部分生物云计算需求，例如基因组的拼接，人全基因组，外显子，单细胞分析等；

C类型：如果需要更多计算资源，需要更快时间完成计算，可以选择C类型，C类型用户较少，可以完成一些大型基因组的拼接，宏基因组的分析等。

D类型：旗舰配置，可以完成大型计算，例如一些超大基因组拼接，宏基因组拼接。

E类型：为GPU运算，可以完成机器学习，或者三代纳米孔测序碱基识别等；

V类型：主要服务于购买过教学视频用户，与其他服务器不同之处在于里包含了视频课程中全部案例数据，配合视频可以进行同步操作。也可以做一些小规模数据分析。

注释：计算资源具体消耗无法精确衡量，与数据量大小，计算类型，计算峰值，磁盘读写速度，软件算法都有很大关系，实际使用过程中越大的计算资源，理论上计算速度越快。

独享云服务器

如果是个人用户使用，可以选择我们的共享云服务器，更具有性价比。如果是一个课题使用，可以选择我们的独享云服务器。

云服务器配置

注意，不同的服务器内容有所差异，比如配置显卡的机器包含更多纳米孔数据分析相关内容。

R环境

我们的云服务器里已经配置了R语言的使用环境，并且安装了大量R的扩展包，用户可以直接使用。RNAseq和单细胞直接使用即可分析。

上传数据，直接分析

我们的生物云为用户解决了常用生物软件，生物数据库的配置问题。100M国际网络，可提供更快速网络数据上传和下载。这还不够，我们还为用户准备了大量软件使用脚本以及大量生物数据分析案例，在服务器里直接运行即可得到结果，省去自己准备数据的大量时间，可以快速掌握一项分析技能。

除了软件之外，我们还配置好了大量生物数据库，例如metamaps库，centrifuge库，最新nr，nt，blast索引，diamond索引，kraken索引，kraken2索引，metaphlan索引，humann索引等，省去大量下载数据时间。真正让您”上传数据，直接分析”。

内置bioconda

由于管理员安装的bioconda只能使用里面的软件，如果自己安装软件需要将bioconda安装到自己目录下，这点不如rstudio-server方便。现在我们直接为用户安装好了bioconda。而且选择了mambaforge版本，这个版本可以直接使用mamba命令，使用更快。登录账户之后，直接使用即可，例如安装bwa以及samtools软件。只需要运行下面命令即可。

mamba install -n base -y bwa samtools

同时，我们还提供了一个超过700多行的软件安装命令。可以直接使用grep命令搜索需的软件，然后直接安装。软件列表包括了基因组拼接，rnaseq，单细胞测序，宏基因组，R语言，python语言等安装。

例如我们想要安装一个宏基因组分析的kraken2软件。

(base) wangtong 09:01:13 ~
$ grep "kraken2" mamba.sh 
mamba create -n kraken2 -y
mamba activate kraken2
mamba install -n kraken2 -y fastqc 
mamba install -n kraken2 -y fastp
mamba install -n kraken2 -y multiqc
mamba install -n kraken2 -y seqkit
mamba install -n kraken2 -y bowtie2 
mamba install -n kraken2 -y samtools
mamba install -n kraken2 -y krakentools
mamba install -n kraken2 -y kraken2
mamba install -n kraken2 -y bracken 
mamba install -n kraken2 -y krona

搜索到了，直接安装即可。为了便于管理，这里推荐大家多创建虚拟环境。否则当软件过多时相互之间会有依赖冲突。

#创建kraken2环境
mamba create -n kraken2 -y
#安装kraken2软件

mamba install -n kraken2 -y kraken2

更多软件，可以查看每个账户目录下的mamba.sh文件。老用户可以直接将该文件拷贝至个人目录下。

cp /ifs1/Software/mamba.sh ~

常见问题

1.购买流程？

直接添加下面作者微信，确定型号，给一个用户名和邮箱开通账号，开通发票，具体发票信息请微信联系。

2.有流程吗？

没有流程，只提供计算资源，具体分析需要每个人独立完成。请有Linux操作经验的用户购买。本服务器主要用于真实数据分析，想学习Linux或者学习生物信息，请购买我们VIP，或者单独购买一些小的云服务器。

3.整台服务器一个人用吗？

我们的生物云属于共享模式，也就是多人共同使用，这样才能极大降低价格，充分利用资源，由于计算资源足够大，每个人都够用。每个人不能占据全部计算资源的一半。例如一共256线程，单个用户同时最多不超过128线程，这样错峰使用，大家可以同时流畅运行。

4.我的数据被别人拷贝走了怎么办？

每个用户都为普通用户，每个人的数据只有自己可以访问，相互之间并不干扰。

5.自己可以安装软件吗？

可以，系统已完成基础配置，常用软件都可以自行安装。如果默认的软件无法满足使用要求，也可以自己安装使用bioconda软件管理工具，完成7000余款软件的安装。

6.磁盘不够怎么办？

如果默认的2T磁盘不够用，可以选择付费增加存储空间，0.5元1G每月，比如要增加1T，则每月额外支付512元。